Este variado grupo de organismos forman lo que los expertos llaman la comunidad criptogámica del Pantano de Elche, un grupo de organismos cuyos tejidos y órganos reproductores no son visibles a simple vista, y que además se reproducen por esporas, sin producción de flores ni de semillas. Dentro de las criptógamas encontramos algas, briofitos (musgos y hepáticas), pteridofitos o helechos, líquenes y hongos. Es un grupo que reúne organismos evolutivamente dispares y heterogéneos, por lo que se considera un grupo artificial.
En el Pantano de Elche se han identificado un total de 34 especies diferentes de criptógamas, correspondientes a 11 especies de hongos, 17 de líquenes, 5 de musgos y 1 especie de alga terrestre.
De entre las especies de líquenes que habitan el Pantano, las de mayor interés son los encontrados en afloramientos yesíferos, como Squamarina cartilagínea y Squamarina lentigera. Este fenómeno es muy singular si consideramos su carácter semiárido y seco en que se sitúan los yesos, los cuales parecen lugares poco aptos para el desarrollo de una cubierta liquénica.
Los musgos identificados, al igual que la única especie de alga encontrada, son especies muy comunes en toda la Península Ibérica y aparecen en diversos ecosistemas, sin embargo, la aridez extrema del hábitat que conforman los montes y sierras de Elche les hacen ser más escasos que en otros ecosistemas, lo que les hace más singulares. Algunas de las especies de musgos presentes son Funaria hygrometrica, Grimmia pulvinata y Tortella humilis.
El alga terrestre que se encuentra en el Pantano de Elche recibe el nombre de Nostoc commune, una especie típica de ambientes de secano, donde aparece tras las lluvias. Puede sobrevivir en condiciones extremas tanto en regiones polares como en áridas. Es una especie terrestre que forma grumos sueltos en el suelo. Es un alga cianofícea de muy fácil identificación y ampliamente extendida por toda España.